3 idiots, seperti judulnya film ini tentang 3 orang pemuda yang sering berbuat bodoh, padahal mereka menuntut ilmu dikampus paling favorit, ini dikarenakan kehadiran satu mahasiswa yang selalu menjadi pelopor tindakan-tindakan konyol namun kreatif mereka. Ketiganya bernama Farhan Qureshi (Madhavan), Raju Rastogi (Sharman Joshi) dan 'Rancho' Shamaldas Chanchad (Aamir Khan). Awalnya Rancho membuat geram dekan kampus, Professor Viru 'Virus' Sahastrabuddhe (Boman Irani) karena semua ulahnya yang terkesan di luar kebiasaan kampus tersebut yang terkenal elit dan disiplin. Bagaimana tidak, virus menekan sedemikian rupa mahasiswanya hingga mempunyai disiplin tingkat tinggi dalam menuntut ilmu, bahkan secara tidak langsung berperan pada rasa putus asa salah satu mahasiswa tingkat akhir hingga bunuh diri yaitu Joy Lobo. Salah satu mahasiswa pintar kebanggaan Virus adalah Chatur 'Silencer' Ramalingam (Omi Vaidya), namun dia pernah dipermalukan oleh Rancho sehingga membuat Catur sangat benci dan dendam dengan Rancho. Rancho jatuh cinta kepada putri Virus yang merupakan mahasiswi kedokteran, bernama Pia (Kareena Kapoor).
Ada satu adegan saat ketiga sahabat ini menerobos masuk ke rumah virus pada malam hari agar Rancho dapat menemui Pia, namun dikarenakan pengaruh alkohol, tanpa sadar salah satu dari mereka buang air seni di depan pintu rumah Virus. Hari berikutnya, Virus mengancam akan mengeluarkan Raju yang pernah buang air dirumahnya. Karena tertekan atas keputusan Virus, Raju mencoba bunuh diri, dengan melompat dari lantai asramanya, namun ternyata ia masih hidup, walau dengan cedera yang sangat serius. Setelah menjalani perawatan intensif yang juga dibantu Pia, akhirnya Raju bangun dari koma, justeru setelah Rancho mengatakan bahwa Farhan hendak menikahi adiknya.
Ke kakuan dan kediktatoran Virus tak berhenti sampai disitu, ia berupaya agar ketiga pemuda itu tak akan pernah lulus dari universitasnya, dengan berbagai cara, namun cara apapun yang dilakukan oleh Virus selalu tidak berhasil karena ketiga pemuda itu selalu dinaungi keberuntungan dan kecerdikan guna keluar dari rintangan-rintangan yang dibuat oleh Virus.
Ketiganya akhirnya lulus dan Rancho mendapatkan penghargaan spesial karena bakat dan kepandaiannya. Beberapa tahun berlalu, mereka bertemu kembali. Catur yang punya dendam dengan Rancho, ingin mengetahui sampai mana kesuksesan ketiga pemuda yang waktu kuliah sering mempermalukannya. Karena dia pikir dia telah menjadi yang tersukses di antara semua temannya, punya rumah besar dan mobil mewah. Akan tetapi bukan pembalasan dendam yang dia dapatkan, melainkan rasa malu yang lain, karena Rancho ternyata adalah professor yang catur inginkan untuk membuat kontrak, ia justeru terkenal dengan nama lain Phunsuk Wangdu. Justru nama tersebutlah yang merupakan nama asli dari "Rancho".
